После размещения половины компонентов, увидел, что перепутаны аналоговая с цифровая земли на ноге, Import ECOs выдало:

Error 5218
Unable to add node DA111-14 to net VCC on line 4.

Земли поменял в самом PBC руками, но хотелось бы автоматом.

Если нумерация компонентов на схеме и на плате не менялись,то попробуйте вернуться к ошибочной схеме.
После этого включить ECOs/ON,исправить схему ->Utils->Export ECOs.Предварительно перед записью посмотрите,те ли исправления произошли и запишите по каким нибудь другим именем.
Затем в PCB Import ECOs,тоже предварительно посмотрев содержимое.

Неоднократно встречался с подобной проблемой в PCAD2001, 2002. Возможно, я чего-то недопонял, но похоже, что SCH в ECO-файл пишет не совсем то, что ожидает получить PCB. Например, был такой вариант: когда неименованная цепь подключается к именованной, в ECO SCH пишет 2 операции: объединить цепи и удалить неименованную. PCB при импорте во время подключения сразу удаляет неименованную цепь, и, соответственно, на вторую операцию ругается. Разумного выхода из этой ситуации я не нашел, приходилось править ECO-файл ручками перед импортом

Как я понимаю, вы еще не трассировали. В этом случае я поступаю проще - правлю схему, создаю заново net-лист и затем его заново загружаю в плату - все нововедения пройдут, без изменения перестановок компонентов. Если делать после трассировки - возможны склеивания цепей из нет-листа с цепями в плате и образование новых связей и удаление уже проложенных. Правда, замечено, что обычно это происходит при некорректных описаниях компонентов или их атрибутов. Особенно не любит кириллицу, буквы "я", "ь-знак", "пробелы" и еще ряд "запрещенных символов".
На всякий случай после этого делаю сравнение листов схемы и платы. Если никаких предупреждений, а тем паче ошибок нет - можно работать дальше.
К слову, DOS- PCAD версии 8,5 и выше таких багов не имеет.

Да действительно в P-CADe с ECO есть проблемы, когда делаешь два действия сразу.
Для того чтобы избежать эти проблемы я делаю поэтапно два действия, сначала удаляю все что надо удалить и делаю ECO. Вторым этапом добавляю в схему новые элементы и тоже делаю ECO.

У меня вот какая проблема возникает постоянно: когда я открываю pcb файл на другом компьютере в той же версии PCADa, вылетает куча каких то ошибок и этот файл не всегда открывается. С чем это связано если кто знает подскажите.