В JFlashARM.exe есть функция secure/unsecure chip. Можно ли с помощью скрипта для J-Link.exe реализовать эти же функции? Если да, то как он будет выглядеть?

Про J-Link.exe не знаю. Но можно так: JFlashARM создаете проект, в свойствах на закладке Production ставите или не ставите галочку Secure chip.
Ну а дальше, как кто так "C:\JFlashARM.exe" -openprjC:\project.jflash -openC:\project.hex -auto -exit

Таким способом уже реализовал. У JFlashARM.exe даже есть специальные команда для установки/ снятия бита защиты (-securechip / -unsecurechip). Но мне не нравится, что в этом случае загружается GUI графическая оболочка этой утилиты. Хотелось бы получить более быстрый и простой способ.