Прошу простить если вопрос покажется очень глупым. Имеется обычный компьютер, со стандартным блоком питания. Бывает, что сначала выгорает материнская плата, дорожки, другие элементы, а предохранитель может не выгореть. Если я правильно понимаю то это связано с импульсным источником тока и инертностью предохранителя. То есть во время скачка импульс успевает проскочить, а предохранитель не успевает сработать. Хотелось бы подробное описание физики процесса.

Успевает, предохранитель сработать, прежде чем проводка начнёт гореть. Предохранитель устанавливается исключительно для этого. Предохранитель (по схеме) стоит после вилки с розеткой.
Для предохранения материнской платы, на этой плате устанавливаются самовосстанавливающиеся предохранители. Посмотрите, внимательно, на плату - и найдёте их несколько штук.
Современные БП рассчитаны на большие токи, да ещё фильтровочные ёмкости стоят. Поэтому запаса по току хватит, чтобы что-то подпалить. Назначение сетевого предохраниетеля - спасти Вашу квартиру от пожара. И не более.
Вообще-то, ни разу не встречал выгоревшей MB. БП всегда тихо сдыхали, комп переставал включаться.

Много раз сталкивался с вышедшими из строя MB по причине некачественного БП. Но ни разу не встречал выгоревшие "дорожки". Может быть это связано с тем, что узел, контролирующий ток во вторичке, успевал увести БП в "защиту"?
Чаще всего элементы на материснкой плате "дохнут" от перенапряжения и не обязательно с созданием КЗ. К примеру у всех ATX блоках есть узел дежурного питания(5 В), который запитывает MB когда она выключена. Например напряжение на USB как раз оттуда берётся. И если блок птания считает себя истинным китайцем, собранным сами знаете где, то перед "смертью", или в момент, он обязательно должен выдать на дежурку не менее 15 В. Последсвия: MB сгорела, предохранитель цел.
Сгореть плата может, кстати, при выключенном компе!

Предохранитель чаще всего горит при проблемах в "горячей" части БП. Почти всегда перегорает вместе с выходом из строя мощного ключевого транзистора.

БП не контролирует вых. токи, а контр. только напряжения. Если они выходят за диапазон +_ 10%, то все отрубается.
Так что если Ваш БП достаточно мощный, а сопротивление Ваших дорожек великовато и не позволяет посадить напряжение
на 10%, то они сгорят и БП ничего не заметит.
Но КЗ дорожек - достаточно редкое явление. Скорее всего, сначала у Вас испортился БП, и подал на плату повышенное напр.
А от этого на плате пробились детали и закоротили цепь, вот дорожки и сгорели.