Имею microblaze+uClinux, образ ядра совмещенный с корневой ФС, MMC карточку.
Надо кк то грузиться с MMC карты, как делаю:
1) бью карту на два партишина FAT и EXT, первый ФАТ.
2) копирую образ на первый раздел
3) написал бутлоадер который после включения питания загружается из конфигурационной ПЗУ FPGA в SDRAM, далее этот загрузчик загружает из раздела ФАТ нужный образ в SDRAM.
4) запускаю ОС.
Что мня не устраивает - необходимо иметь конфигурационное ПЗУ большего размера чем надо, мелочь но ...
А как в простых PC, ну лежит в MBR огрызок который грузит загрузчик. А как можно в ~400 байт с ФАТ работать?

А и не надо с FAT работать. В образ _целиком_ кладется в _фиксированном_ месте и с этого места
грузится. А на FAT это место отмечается как файл с атрибутами 'system' + 'hidden' + 'readonly'.
Для пущей гибкости можно место расположения и размер указать в MBR.
Придется только установщик такого 'файла' написать в придачу и установщику MBR.

Интересно, а для чего предназначены зарезервированные сектора.
Разные разбиватели партиций создают разное количество этих секторов.

Абсолютно для того-же (если речь идет не о побочном эффекте выравнивания).
Просто файл можно положить уже на готовую и частично занятую
файловую систему и заменить/забрать его соответственно проще, нежели заниматься созданием
и модификацией партиций.В первом приближении его просто можно бросить на свежеотформатированный носитель. Часто компромисный вариант - в зарезервированных секторах лежит относительно небольшое продолжение немодифицирумого загрузчика. Можно еще сбойными
сектора пометить, но это халтура - кто-нибудь может 'вылечить'. Лично я, как не трудно догадаться,
за файловый вариант. Далее дело хозяйское.