Прошивается с помощью AVRISP корректно, питание 3,1В. Фузы корректны Int RC 8MHz, BOD отключен. Но старта программы не происходит на большинстве выходов портов висит 0В - Z-состояние. На входе RESET висит 2.6В. Потребление высокое порядка 5мА. Проявляется на всех платах. Что это может быть, бракованные меги?

А существует предыдущая партия плат Atmega168PA на "3,1В Int RC 8MHz, BOD отключен", которая работает?
Прошивку обратно считывали?

Сколько работал с Atmega48PA - неубиваемая и безглючная.

Куда же 0,5 B деваются. Поробуйте на него подать напрямую питание.
Не поможет см. программу

Прграмма корректно работала на меге48, там в начале просто моргает саетодиод. Программа назад считывается корректно. Предидущей партии на меге168 не было, просто переходим с меги48 на 168.

Зачем увеличение FLASH если программа таже. Стандартный вопрос - платы хорошо промыты?

Смотрите внимательно фузы. Они отличаются у 48 и 168. По программе: размер вектора прерываний у 168 - два слова против одного у 48, поэтому если в программе используется хотя бы одно прерывание - без перекомпиляции такая программа работать корректно не будет.

Прерывания есть и вполне это может быть причиной, проблема именно в том что на меге48 все работало, а сборку на новый таргет не сделал.

Перекомпиляция обязательна !