Может кто поможет, нужен пример конфигурации ножек на вход и на выход а как считать данные
к примеру ножки 0--7 на вход, ам ножки 8-15 на выход

Посмотри здесь.
Там куча примеров для SAm для разных компиляторов.
В каждом примере подробный хелп.
ftp://ftp.efo.ru/pub/atmel/MCU/ARM_32bit/Examples/

Тут есть римеры мигания светодиодами и др.
http://www.olimex.com/dev/sam7-p64.html

Зайди на www.AT91.com - родные примеры от Atmel

У Keil'a uv3 есть примеры.. находятся здесь:

<Program files>\Keil\ARM\Boards\Atmel\AT91SAM7S

У IAR'a - тоже, находятся тут:

<Program Files>\IAR Systems\<Embedded Workbench>\arm\src\examples\Atmel\SAM7S64