Почему может не запускаться программа из флеш памяти после передергивании питания(сравнивал скомпилированный код в hex файле и который записан во флеш, все совпадает)?? Все галочки в IAR поставлены, до передергивания все работает отлично.
P.S. Зашиваю частично переделанный пример от Atmel.

Да мало ли почему ? Супервизор используете ? Устройство ваше или фабричное ? Трансформаторный у него БП или нет ? Плата корректно сделана ?

Ну, если это Атмел, то логично предположить, что не был прошит соответствующий LOCK-бит.

Была подобная проблема с NXP и STM. Всему виной был блок питания, так как у него при включении медленно нарастало напряжение, либо были сильные броски. Попробуйте поменять источник питания.

Тип процессора не указан, остается только гадать. С большой долей вероятности не подтянуты (или неправильно подтянуты) ноги, отвечающие за запуск программы из внутренней флеш.