После разводки платы иногда бывает необходимо добавить элементы в проект. Design Entry HDL позволяет сделать ренамбер новых компонентов, когда делаем Export Physical, однако тогда нарушается порядок в файле .BRD
Есть ли способы сделать ренамбер в Design Entry HDL аналогично ренамберу PCAD?

Для начала после добавления новых компонентов не делайте полный ренамбер, пакуйте с опцией "Preserve". Это сохранит всю существующую нумерацию назначив новым компонентам новые уникальные номера.
Втяните изменения в РСВ.

Теперь упакуйте схему с опцией Repackage и заданным Refdes_Pattern-ом вида "($PHYS_DES_PREFIX)[A-Z](A)", в котором задано использование букв, вместо цифр:

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

Втяните изменения в РСВ. Рефдезы должны стать вида RA,RB,RC...RABC и т.д. При такой нумерации ни один компонент не получит рефдеза, который существовал в предыдущей нумерации, в итоге все останется на своих местах.

А теперь делайте еще раз Repackage, только с нормальным паттерном вида "($PHYS_DES_PREFIX)[0-9](1)". Компоненты получать нормальные номера, по порядку, и порядок в РСВ не нарушится.

Большое спасибо, действительно, помогло.

Скажите, а почему ваш способ не всегда делает ренамбер с первого компонента? В проекте, где 4 светодиода, после проделанных выше действий светодиоды получили рефдесы VD139 и т.д. Все рефдесы пронумерованы слева-направо - да, но не сначала и только в пределах одного листа, т.е. HDL упорядочил только те рефдесы, которые на данном листе, получились пропуски в нумерации.
Есть ли способ этого избежать?
В небольшом проекте всё работало замечательно, а в проекте с большой иерархией возникла такая проблема.

Проверяйте настройки упаковщика. При такой их установке

Нажмите для просмотра прикрепленного файла

все нумеруется полностью несмотря на размеры иерархии.