Цитата(_4afc_ @ Feb 26 2013, 15:50)

1. В функциях AT45_Read и т.д. не было проверок статуса, там проверяется не занят ли блок SPI у SAM9.
2. Статус всегда показывал готовность, но флешки не писались

Читаем мануал на AT45DB321 и видим что запись - не обязательная причина установки занятости:
Код
There are several operations that can cause the device to be in a
busy state: Main Memory Page to Buffer Transfer, Main Memory Page to Buffer Compare, Buf-
fer to Main Memory Page Program, Main Memory Page Program through Buffer, Page Erase,
Block Erase, Sector Erase, Chip Erase and Auto Page Rewrite.
Цитата(_4afc_ @ Feb 26 2013, 15:50)

Вот прямо сейчас проверил:
И...? Вы будете спорить с мануалом? Тогда чудеса Вам обеспечены ещё много лет...

Цитата(_4afc_ @ Feb 26 2013, 15:50)

Стёр,записал нулями,считал страницу N100 - после каждой операции статуc=0хВ9. Страница содержит 0xFF
Стёр,записал нулями,считал страницу N88 - после каждой операции статуc=0хВ9. Страница содержит 0x00
Вот такие чудеса в течении нескольких лет

Ещё бы не чудеса! Ведь Вы даже и не AT45DB321D читаете/пишете, а нечто другое
AT45DB321D не может возвращать такого статуса!