Столкнулся с проблемой отвода помех, проникающих во вторичку через паразитную межвитковую емкость у преобразователя DCP020515DU. Редуцированная схема с осциллограммой шумов по выходу VOT- в начальной конфигурации в вариантах 0. Так же рассмотрел два варианта с шунтирующей емкостью между землями (варианты 1 и 2). Рекомендуемый в некоторых источниках вариант 1 не дал желаемого результата. Вопрос: в чем может быть проблема с вариантом 1: возможно стоит добавить Y-конденсаторы между дросселем и DC-DC, тогда на что их заводить (преобразователь находится на плате расширения и доступ к заземлению только через материнскую плату, на которой оно прокинуто ободком по периметру и соединяется с корпусом вдали от платы расширения)? Вариант 2 дает хороший результат, но тогда смысл использования дросселя падает (в плане ЭМС и помех отдаваемых в первичку)?

Вы бы дорисовали еще осциллограф в схему (с его петлями заземления) - возможно, яснее бы стало.

Вообще, серия DCP - достаточно шумная.

Подключение к осциллографу как на рисунке

Теперь еще дорисуйте, как OSC_GND замыкается на физическую землю через Y-емкости, и как вход Вашего DCP опять-таки связан с физической землей - проследите путь помехи. Либо, возьмите осциллограф с батарейным питанием - возможно, для варианта 1 увидете картинку, как для варианта 2.

Емкость скорее не межвитковая (она маленькая, т.к. составлена из емкостей порядка 1пФ, да еще включенных последовательно), а на сердечник, проходная.
Не исключено, что хорошим вариантом для ВЧ-помех будет второе звено, с малой индуктивностью, но и с очень малой емкостью на сердечник (или вообще без него).