Хочу использовать в Эклипс свой Makefile. Это нужно потому что я хочу использовать компилятор для ARM архитектуры, плагина для которого нет в Eclipse.
Никак не могу настроить для этого проект. всегда Makefile генерится автоматически.

В дальнеёшем хочу настроить в Eclipse отладку удалённую.

Project -> Properties -> C/C++ Build -> Builder Settings -> Generate Makefiles automatically снять галочку.

Можно создать новый проект с makefile
File->New->Makefile Project with Existing Code

Учтите, что Makefile и makefile это разные файлы (об этом были дискуссии).