Насколько я понял из Help, авторазводчик PCB Router производит разводку дорожек под 90 градусов, а уже после вружения *.ses файла в PCB Editor командой Miter by Pick можно сделать нужные участки дигональными.

Конечно, странно требовать от авторазводчика чего-то сверхъестественного, но нет ли способа изначально осуществить авторазводку под углами 45 градусов?

Совсем не так...
Во-первых трассировать можно сразу под 45 градусов, надо только включить этот режим:

set diagonal_mode always

Во-вторых Miter можно делать непосредственно в PCB Router, хоть под 45 градусов, хоть дугами, как параметры зададите.