Используя этот application note, я создал свой проект Keil, который отличается лишь структурой каталогов, вce исходные тексты, параметры компилятора и размеры выходных файлов остались неизменными.
Но помимо имеющихся семи warning`ов, появились еще эти четыре.

Что может спровоцировать четыре дополнительных warning`а при отсутствии разницы в исходном коде?
Причем если посмотреть исходный код функций, то в ряде случаев переменная таки используется в последующем (блок кода в котором она повторяется не задефайнен), ниче не понимаю...

Скорее всего вы подключили какой-то модуль, который реально не используется или в начальном проекте в этом модуле была отключена функция компиляции, а здесь вы ее забыли включить.

Да, для группы файлов стояла опция No Warnings. Теперь всё сошлось и по размеры файлов, и по количеству предупреждений.

Но как понять эти ошибки? Недавно я разбирал демку ChibiOS с lwIP, так там ни одного предупредления по файлам стека не вылазило, но весия другая. Зависит ли появление таких ошибок только от самого стека или отверхнего кода тоже?

У меня 'variable "mem_sem" was set but never used' выскакивало. Без ОСи семафор не нужен, а у них в коде переменная-семафор всё равно остаётся, но не используется. С переменной tcphdr, возможно, похожая история.

Наверное так же как и у Вас