Добрый вечер всем.
Возникла необходимость запустить SDIO на третьем циклоне, но информации крайне мало по этому вопросу.
Подскажите кто что может.
Заранее благодарен.

Компонента SDIO в стандартном составе периферии для NIOS нет.
Люди берут либо на OpenCores, либо пишут своё.
Или даже покупают готовый модуль у кого-нибудь.
На CIII сделать точно можно.
В принципе, если не нужна скорость, можно обмениваться через интерфейс SPI, а не SD.
Для SPI предложено достаточно решений, можно найти даже здесь, на сайте.

К сожалению, скорости в SPI режиме не хватает (.
Корки же в подавляющем большинстве платные.

Какие у Вас требования к скорости?
Посмотрите на opencores.org .
Требуется только регистрация.
Я давно брал оттуда проект, как пример организации, вычисления CRC и т.д.
Написал свой, для шины Avalon-MM, правда с 1-битным обменом по данным.
Добавил самодельную, сильно урезаную FAT32 (ищите fatgen103.pdf или .doc).
Но у меня проект был без претензий, данные пихать в файл(ы) на карточку,
а уже компьютер читает и обрабатывает.
Своим проектом поделиться не могу, увы...

Скорость требуется по крайней мере 10 Мбит.
И FAT не урезанный.