Протокол оперирует в основном с двубайтными регистрами, но при этом Функция N16, помимо кол-ва регистров, содержит кол-во записываемых байт.

Помогите сообразить, при каких условиях "это" может понадобиться. На ум приходит передача текстовой информации с однобайтными символами. Но, опять-таки, регистры-то двубайтные. И где функция, позволяющая "прочесть" некратное число байт?

Если можно, на каком-нибудь примере или на пальцах пожалуйста.

"Это" - не более чем избыточность.

Большинство (или все?) команды модбаса имеют поле Byte Count
Имхо, исторически так сложилось, для упрощения аппаратной реализации.
"регистры" намекают на некую близость к железу

Количество байт нужно для контроля длины принятого сообщения (хотя правильность приема и так контролируется CRC, но лишняя проверка не помешает).