Какой практический смысл в том, что флаги прерывания в SMT32 не сбрасываются автоматически?
Если его нужно сбрасывать вручную, то предполагается, что кому-то понадобится этого не делать.
И что дальше - обработчик прерывания будет до бесконечности вызываться?

Как вы себы это представляете?
Если один вектор делят несколько источников прерывания. Только по флагам и можно определить почему произошёл переход в прерывание.