Дурацкий вопрос наверное но....
Что лучше – пол порта вход, другая половина выход или целый порт вход, а дгугой порт выход. Проект - чисто дигитальное управление.

Руководствуюсь макс. током на ВСЕ выходные порты конкретного корпуса MCU, а также возможными помехами от выходных портов на входные.

Сумарные токи приемлимые. Частоты тоже детские . Отдельные вход/выход быстрее в обработке - не надо делать маски и шифты. Хотя экономия в пару микросекунд наверно не существенна.

А на каком порту планируете всё повесить? Порты A/B/C/D возможно Е попадают под действие команд CBI/SBI, поэтому для них возможна установка отдельных бит без затрагивания других. Если у Вас нет задачи менять несколько выходов одновременно, то тогда без разницы. Если нужно менять несколько выходов за одну команду, то .... тоже нет разницы (для портов A/B/C/D).
Для портов F/G уже есть разница. Там невозможно установить отдельные выходы без предварительного чтения регистра PORTF/G.
PORTF |= PIN0_MSK; бкдет развёрнута компилятором в последовательность чтение PORTF, модификация бита, возврат значения в PORTF.

Информации недостаточно. как взаимосвязаны между собой сигналы в группах?
"Дискретное"! Или "цифровое". В русском языке нет слова "дигитальное" и, надеюсь, не будет.

Мне нужно послать клавишу в DTMF Generator 4 бита и принять клавишу от DTMF Receiver тоже 4 бита, кроме того всякие chip enable, output enable, data ready.
PORTF мне нужен для аналоговых измерений.

В этом случае разницы нет. Наверняка требуется задержка между 4 битами в генератор и chip enable, так что порт в любом случае дергать дважды.

Спасибо.