Добрый день.
Существуют ли какие либо особенности в настройках программы при проектировании многослойых гибких PCB ( http://www.pselectro.ru/article/7/82 )?

Нет не существует, единственное отличие, Вы добавляете несколько слоев графики, которые отображают отдельно контуры жесткой части, гибкой части и упрочнителей.

А можно по подробнее о переходе?
К примеру мне надо сделать переход от гибкой полоски к жосткой контактной площадке.

Рисуете общую печатную плату, которая включает в себя и гибкую и жёсткую(через Ё) части, как единую печатную плату в один слой в проекте. Контур этой платы такой, который охватывает и гибкую и жесткую печатные платы, то есть это будет плата с контуром в форме буквы "зю". Гибкая же часть это шлейфик и необязательно прямой, может быть изогнут как трасса в головоломке типа лабиринт.
И рисуете контактные площадки на этой жесткой плате тоже как обычно, и трассы ведете все как всегда. И площадки и трассы
на этой плате делаются совместно для обеих частей, гибкой и жесткой.
В самом конце когда все сделано, создаете на отдельном слое контур жесткой части, который будет
охватывать часть той самой "зю". И на отдельном слое контур гибкой части, который будет охватывать остаток
контура той самой "зю".
При отгрузке герберов производителю отгружаете ему геребра платы тоже как обычно плюс два слоя графики
с контурами гибкой и жесткой частей.
Формированием перехода и прочими тонкостями производитель занимается сам.
Ваша задача дать рисунок меди и указать что будет жесткой частью, а что гибкой.
Толщина жесткой части может быть любой например 0.5mm.