Сделали плату. На плате ус тановлены 2 ПЛИС – Spartan 3- 200AN и Virtex 6 SX315. Обе микросхемы объединены в одну JTAG-цепочку. При первых включениях всё было нормально, ПЛИСы определялись, прошивались и работали. Но что-то случилось и теперь ISE IMPACT почему-то видит огромное число неопределённых устройств. В логе он пишет, что нашёл сначала Virtex 6 (нулевым устройством), затем Spartan 3, после чего следует череда UNKNOWN-устройств. Все питающие напряжения в норме. Кто-нибудь сталкивался с таким явлением?
Далее привожу лог.

Setting cable speed to 6 MHz.
Cable connection established.
Firmware version = 1303.
File version of C:/Xilinx14/14.1/ISE_DS/ISE/data/xusb_xlp.hex = 1303.
Firmware hex file version = 1303.
PLD file version = 0012h.
PLD version = 0012h.
PROGRESS_END - End Operation.
Elapsed time = 1 sec.
Type = 0x0004.
ESN option: 00001176907601.
Attempting to identify devices in the boundary-scan chain configuration...
INFO:iMPACT - Current time: 28.05.2013 18:36:42
// *** BATCH CMD : Identify -inferir
PROGRESS_START - Starting Operation.
Identifying chain contents...'0': : Manufacturer's ID = Xilinx xc6vsx315t, Version : 6
INFO:iMPACT:1777 -
Reading C:/Xilinx14/14.1/ISE_DS/ISE/virtex6/data/xc6vsx315t.bsd...
INFO:iMPACT:501 - '1': Added Device xc6vsx315t successfully.
----------------------------------------------------------------------
----------------------------------------------------------------------
'1': : Manufacturer's ID = Xilinx xc3s200an, Version : 0
INFO:iMPACT:1777 -
Reading C:/Xilinx14/14.1/ISE_DS/ISE/spartan3a/data/xc3s200an.bsd...
INFO:iMPACT:501 - '1': Added Device xc3s200an successfully.
----------------------------------------------------------------------
----------------------------------------------------------------------
'2': : Manufacturer's ID = Unknown
INFO:iMPACT:501 - '1': Added Device UNKNOWN successfully.
----------------------------------------------------------------------
----------------------------------------------------------------------
И так далее до 31 устройства.

'31': : Manufacturer's ID = Unknown
INFO:iMPACT:501 - '1': Added Device UNKNOWN successfully.
----------------------------------------------------------------------
----------------------------------------------------------------------
INFO:iMPACT - iMPACT quit the Identify Chain because it detects there are
at least 30 'UNKNOWN' type devices on the chain.
Please check the hardware settings and retry!

----------------------------------------------------------------------
PROGRESS_END - End Operation.
Elapsed time = 7 sec.

В итоге выдаётся сообщение красного цвета Identify failed.

У меня было нечто в этом роде с "больным" программатором... Попробуйте поменять.

Вроде бы были такие проблемы, иногда, на старом программаторе, черном. То ли контакт был плохой в кабеле.

Бывает при нарушении цепочки. Вроде, когда TDO залипает в нуле. Причин этому бывает масса - от плохого контакта до всего, чего угодно.
Можно попробовать в Debug режиме посмотреть состояние сигналов, или прогнать определение на пониженной частоте. Сам программатор стоит проверить на другой плате.
Плисы-то работают при этом? Лишнего нагрева нет?
Нигде при соединении S3 и V6 не смешали сигналы (и Vref) 3,3В с 2,5В?

Программатор пробовали на другой плате. Все работает. Как я могу определить работают они или нет, если они не определяются? Плисы теплые, лишнего нагрева нет. Совершенно верно, TDO залипает в нуле.
По поводу 2.5 и 3.3 тут проблема есть((
TMS, TCK, TDI (который идет на Spartan 3 подтянуты к 3.3 В). TDO который выходит из Spartan 3 получается тоже 3.3 В. Банк 0 Виртекса-6 подключен к 2.5 В (на него приходит TMS, TCK, TDI с S3 ). Соответственно TDO, который выходит из Виртекса в JTAG - 2.5 В. В этом может быть проблема? Мог-ли из-за этого сгореть Банк0 Виртекса отвечающий за загрузку?

Да, мог. Это абсолютно смертельная комбинация. Я не утверждаю, что так и произошло, выгорает обычно не сразу.

По возможности, я бы предложил убрать подтяжки с 3,3В, полностью отрезать S3, и промерить сопротивления на всех JTAG-ножках виртекса.
Если виртекс поддох, то он может вести себя следующим образом (одно из или все сразу):
- жрать много тока по Vccio конф. банка
- жрать много тока по Vccaux
- греться
- не грузиться из исправной ПЗУ

Также возможно, что будут снижены сопротивления на Vccaux, Vccio конф, JTAG-ножках.

Чтобы развести JTAG корректно нужно полностью исключить попадание 3,3В на виртекс-6, как на выходы (подтяжка), так и на входы, т.е. ставить преобразователи уровней на все сигналы.

Спасибо вам большое за информацию! завтра буду снимать S3, менять подтяжки на 2.5 В.

Нужно убедиться, что:
1. Vref на разъеме JTAG = 2,5В. Иначе уже сам кабель начнет тянуть JTAG к 3,3В.
2. Подтяжки стоят на 2,5В
3. Рядом стоящий S3 не тянет ничего на 3,3В.

Для простоты можно все сигналы, идущие к (и от) V6, провести через проходные резисторы (где-то 100-200ом) и навесить на все JTAG-ножки V6 внешние стабилитроны на 2,2В - 2,4В. Они дадут гарантию, что пришедшие откуда-то 3,3В уйдут в стабилитрон, а не потекут на Vccio/Vccaux через защитные диоды виртекса.

Спасибо, ошибка была в этом. Сняли S3. Сделали подтяжку на 2.5В. V6 выжил. Определяется и прошивается. Теперь думаем что дальше делать... Будет-ли работать если сделать следующее: Ставим обратно S3. Подпорку TCK,TMS,TDI и Vref оставляем 2.5 В. Вскрываем дорожку TDO от S3 к V6 и ставим проходной резистор 100 Ом. Будет-ли определяться S3, т.к. Банк куда заходят TCK,TMS,TDI питается от 3.3.В.

Повезло - успели. Хотя лучше проверить сопротивление на ножках JTAG и Vccio, раз поведение уже изменилось относительно первого включения - могло и подпортиться что-то.
Насчет как лечить - написано выше. Не знаю, достаточно ли перевесить внешние подтяжки на 2,5В. Есть возможность, что S3 будет сам тянуть ножки JTAG к 3,3В (например, в зависимости от конфигурации). Я бы не рисковал здоровьем V6 и поставил схему резистор-стабилитрон на все линии JTAG-а. Одного резистора без стабилитрона не достаточно, резистор просто снизит ток.
Насчет S3 - сигналов с размахом 2,5В ему хватит. Максимум что может быть - из-за проходных резисторов снизится макс. рабочая частота.
В любом случае, готовую схему смотреть осциллографом в динамике - как ведут себя все пины JTAG на V6, нет ли превышений и выбросов выше 2,5В.