Доброго времени суток!
Рассчитал в FDAtool фильтр с fixed-point коэффициентами, однако фильтр Direct-Form II, Second-Order Sections. Теперь назревает вопрос, как реализовать его программно, т.е. можно собрать фильтр с канонической структурой, там вид разностного уравнения известен, а для каскадной структуры это разностное уравнение не понятно как работает. Может кто подскажет саму формулу РУ, ну или код даст ?

Для каждого каскада свое разностное уравнение. Выход первого каскада соединяется со входом второго, и так далее ...
Подробно расписано в книге Р. Лайонс "Цифровая обработка сигналов".

Вы можете в FDATool создать Simulink-модель своего фильтра на базовых элементах и по модели написать код.