Есть STмка. Кварц к ней 12Мгц. Вопрос: как задать интервал в одну секунду? Или еще что-то знать нужно?

Кварц должен быть 8 МГц. Но в любом случае определи системную тактовую частоту. После этого определи тактовую частоту таймера, который будешь использовать. Псле этого программируй таймер как нужно.

системную тактовую частоту - это PLL?

тактовую частоту таймера - а эту где найти?

У таймера есть два 16-битных регистра TIM_PSC (делитель тактовой частоты) и TIM_ARR (определяет границу счёта). Период T = TIM_PSC*TIM_ARR / Ftim_clk. А частота тактирования таймера (APB1 или APB2) зависит собственно от выбранных вами настроек RCC: частоты кварца, величин делителя и умножителя (если используется PLL), делителя AHB, делитель APB1/APB2. На картинке в "Referense manual" в главе Reset & clock control.
PS Если делитель APB1==1, то тактовая для таймеров умножается на 2. Для таймеров висящих на APB2 аналогично. Многие попадаются на этом.

Почему? Цитата из datasheet на STM32F100xxx: "The high-speed external (HSE) clock can be supplied with a 4 to 24 MHz crystal/ceramic resonator oscillator."

Примерно так:
http://eugenemcu.ru/publ/13-1-0-73 - тактирование
http://ziblog.ru/2011/01/15/stm32-chast-8-...eryivaniya.html - таймеры

Не совсем.
T = (TIM_PSC+1)*(TIM_ARR+1) / Ftim_clk