Проверил работу iMPACT'а у себя с моделированием неисправностей типа "нет соединения". Для отладки продуктивнее оказалось использовать функционал <iMPACT Menu> :: Debug -> Chain Integrity Test (что неудивительно, в общем-то, :-) для такой ситуации). Разобрался, что iMPACT тут делает (ничего хитрого, могу изложить подробнее, если надо).
В общем, итог такой. Если все JTAG сигналы от кабеля к разъему на плате,
кроме TDI, имеют хороший контакт (TDI - no connect), то наблюдается поведение, аналогичное вашему случаю:
Цитата(Pavel_I @ Jun 21 2013, 00:46)

Вот лог при попытке сделать Chain Integrity Test
Maximum TCK operating frequency for this device chain: 25000000.
Validating chain...
INFO:iMPACT:1206 - Instruction Capture = '111111110101'
INFO:iMPACT:1207 - Expected Capture = '101010XXXX01'
INFO:iMPACT:2130 - Boundary-scan chain test failed . Please check tdi->tdo connection between the cable and device:'1' ( 'xc6slx16').
A problem may exist in the hardware configuration.
Check that the cable, scan chain, and power connections are intact,
that the specified scan chain configuration matches the actual hardware, and
that the power supply is adequate and delivering the correct voltage.
И это хорошо объясняет, почему цепочка в самом начале энумерируется, а при попытке выполнить иную задачу все накрывается. Поскольку TCK,TDO и TMS сигналы подключены хорошо, то : 1) переключения в машине состояний TAP'а проходят корректно (TCK, TMS); 2) соответственно, перевод TAP FSM в состояние Test-Logic-Reset и загрузка "инструкции по умолчанию" - IDCODE - тоже проходит нормально; 3) выдвигание содержимого всех IDCODE регистров JTAG-цепочки тоже идет хорошо (TDO предполагаем работающим). А вот биты, которые
вдвигаются через TDI и потом ожидаются, в конце концов, на выходе из TDO,- вот они теряются. Вместо них вдвигаются 1-цы. Что мы и видим в логе, и что служит причиной ругани iMPACT'а.
Зеленым цветом я подкрасил выдвигаемое в ходе Integrity Test'а защелкнутое содержимое IR'а, а
красным - то, что вдвигалось по TDI со стороны кабеля и отвечающие им реальные биты на TDO. И понятно, почему невозможно вдвинуть какую-нибудь JTAG инструкцию со стороны кабеля, даже ту же IDCODE для выполнения IDCODE looping'а (TDI не работает, как положено).