После поступления SMS и ее прочтения - удаляю. SMS после первой попытки не удаляется, а только со второй попытки.
AT+CMGDA="DEL READ" с первой попытки не удаляет.
Отправлять две команды AT+CMGD как-то не красиво.


Примерный диалог

+CMTI:"SM",1
AT+CMGR=1 статус REC UNREAD ......
AT+CMGL="ALL"
...... SM 1 статус REC READ
AT+CMGD= 1,3
AT+CMGL="ALL"
...... SM 1 статус REC READ
AT+CMGD= 1,3
AT+CMGL="ALL"
OK

Хм. А "OK" подождали после CMGD?

А Вы используете текстовый режим или режим PDU для сообщений ?

какая прошивка SIM900?

1137B09SIM900D64_ST_DTMF_JD_MMS


+CMGF=1, 1137B09SIM900D64_ST_DTMF_JD_MMS

Вообще, если мне не изменяет память, еще в SIM300 были проблемы с удалением всех СМС.
Поэтому я удаляю их по одной.

Общий алгоритм такой:
+СMGL=4
берем первую в листинге, смотрим ее тип.
неотправленную - отправляем
отправленную - удаляем
входящую - обрабатываем, потом удаляем.

И так по кругу, пока что-то есть.

Сигнализация на SIM300D у меня работает несколько лет ( 4 - 5) и с такой проблемой я не сталкивался, возможно это было не критично.
На SIM900 построена сигнализация с отправкой видео файла MMS & Email. Посредством SMS производится настройка, различные запросы и в какой-то момент SIM900 перестает принимать SMS и только после ручной командой +CMGDA="ALL" прием SMS возобновляется. Это вынудило обратить внимание на выполнение команды +CMGD и оказалось, что есть не удаленные сообщения хотя после каждой принятой SMS производится ее удаление. Интересно при каком количестве SMS происходит переполнение памяти и куда кроме SM можно принимать SMS.