Возникла следующая проблема.
Смотрю снифером с компа уходит пакет, а микроконтроллер говорит, что в приемном буфере появился пакет только через 3-10 mS. Причем это время от случая к случаю разное, чаще сотни микросекунд.
Компьютер с моей платой соединен напрямую.

Никто не сталкивался с подобной проблемой ?
В чем может быть причина ?

Возможных причин масса. В антивирусе, например.

Интересно, откуда такая точная синхронизация часов на ПК и МК?

поддерживаю вектор мысли о точности...
и вопрос..
надеюсь вы смотрите снифером не с компа откуда посылаете? строго говоря это не совсем корректно. Если Вы встанете между (и желательно отдельной железкой), то тогда сразу будет видно у кого ослинные уши и кто сколько и как думает, обрабатывает пакеты...

а пока - причин может быть несколько.

У меня работает протокол TCP. На каждый второй мною отправленный пакет комп шлет ACK. В микроконтроллере после отправки второго пакета я запускаю таймер и смотрю его значение по получению ACK.

Да снифер на том же компе (в цепи всего две железки - комп и STM32). По сниферу видно, что как только комп получил второй пакет от микроконтроллера он тут же шлет ACK (задержка несколько десятков микросекунд).

Или это может быть система так быстро отправляет ACK ( и снифер его ловит), но пока он дойдет до сетевухи и набирается милисикундная задержка. ?