Запускаю PiCKit3 в режиме дебага, но вылетает ошибка PK3Err0040: The target device is not ready for debugging.
Please check your configuration bit settings and program
the device before proceeding.

Процессор PIC16.

А что Вы вообще сделали-то? Прочитали прошивку из ПИКа? И что Вы хотите сделать теперь?

ну и Гугл спросите про PK3Err0040, не стесняйтесь

Именно так, прочитал прошивку.
Необходимо видеть значения регистров в брейкпоинтах, пошаговая отладка.
Но не получается запуститься в режиме отладки.
зы. гугл мучал, полной ясности не получил. (с пиками ранее не работал, микрочипоский софт мало знаком, пытаюсь восстановить пробелы)

Сразу оговорюсь, когда я работал на PIC ассемблере, MPLAB еще не использовался (да и Виндоус тоже) а про внутрисхемную отладку я мог только мечтать. Так что может с ассемблером и можно так как Вы делаете (чтение и отладка). Лично я (при использовании Си) действую наоборот, согласно документации:
1. Компилирую код, при этом должен быть выбран режим "Debug->Pickit3"
2. Заливаю его в устройство (кнопочкой "Program")
3. Отлаживаю.

Если Вы делаете так как я написал, оно работает? или ругается?

Кстати, он же вам в этом ерроре прямо пишет, что Вы должны запрограммировать камень до начала процесса отладки.