Пад - это элемент логической упаковки компонента.
Нельзя его удалить, не нарушив упаковку компонента.
Потому пикад и не дает удалить Вам пады.
Но это ограничение можно обойти очень просто.
Сделайте новый стиль пада, у которого размер равен 0 на всех слоях. Без сверловки.
Потом к тому паду, который Вам необходимо удалить, примените этот стиль.
В итоге пад у Вас на плате как бы будет (логически), но его не будет (физически)...