В одной схеме используются два LTC3421. Один LTC3421 выдает на выходе 3В, другой 2,04В.
Выхода у LTC включены паралельно через шоттки диод, но и применяются отдельно дальше в схеме.
Ток у каждого LTC3421 на выходе предположительно 200мA. Подключение самих LTC (дроссель, транзистор и т.д.) в точности как в datasheet.
Подскажет кто для чего паралельное включение выходов?

С разными напряжениями ? Да кто ж его знает ? Вы же схему не показываете. Возможно, логика работы вашего аппарата такая, что некую схему нужно запитывать разными напряжениями, в зависимости от каких-то условий. Например, у вас какой-то программатор или стенд для проведения некоего опыта ...

И что, запараллеленый через Шоттки выход в схеме что-то питает или только как логический сигнал используется?
Если только логически, то это флаг "по крайней мере, один из источников включен". Дальше он как-то обрабатывается.
Если же что-то питает, то схему делал программист.