Берем арию 5 с двумя хардовыми PCIe.

Создаем qsys, где добавляем два PCIe (прилагаю проект).

С одним PCI компилится, с двумя не может назначить пины. Кто разбирается, подскажите, в чем дело.

PHY для PCIe в данном случае реализуется на трансиверах.
Может быть, дело в том, что нужно выбрать правильные трансиверные каналы для каждого из аппаратных контроллеров?

Я ожидал что он сам выберет что надо

В Вашем архиве не хватает файлов для компиляции. Сделайте qar.

Че там не хватает? Все хватает, у меня же компилится (qsys надо пересобрать).
Вобщем, совсем забыл, что тринсиверы в арии выходят на две стороны. Поэтому надо к каждому PCI свой конфигуратор трансиверов. А я пытался использовать один. Скомпилилось.