При переворачивании платы происходит какая-то фигня см. скрин. Как этого можно избежать?

Ставте на заготовку используя флаг Mirror

Эту самую галку и ставлю, результат на скрине. Плата вроде бы переворачивается но 3d модели нет, и с вырезами в плате ерунда какая-то.
Вот слепил на скорую руку пример, test.PcbDoc - основная плата, panel.PcbDoc - заготовка. На заготовке 2е одинаковые платы, одна из низ перевернута.

Да такая фигня есть и она давно. Но как то нет необходимости панелизацию в 3Д рассматривать, никто бучу и не поднимает

Так панелизировать платы не в CADе нужно, хотя и можно.
Для панелизации используйте CAMы - в них это и удобнее и быстрее.

У вас под разъемчиком перфорированная перемычка стоит - не очень удачное решение. Будет сложно разделять.

Т.е. траблы только с 3д, а всё остальное нормально?

спасибо.

Такая фраза очень опасна в альтиуме ))
откуда могут вылезти ошибки предсказать сложно.
Я в свое время так делал (еще в 8-ой версии), вроде было нормально.
Потом мы делали панелизацию в 10, вылез глюк, который увидеть смогли только на готовой плате:
трассы, которые выполнены дугами оказались вскрытыми от маски!
вот вам и здрасьте. никто ответственности не несет.

что у вас будет на выходе предсказать сложно, так что лучше воспользоваться советом выше: CAM

Сейчас "выводил" герберы в CAM350, ну и "гадость эта ваша заливная рыба". Особенно "доставляет" прокрутка в другую сторону при зажатом Shift.

Это с непрывычки