Имеем готовый проект на 640-м чипе, который в последнее время стало очень трудно найти. Заменяем на идентичный 1280 (1280-16U) Как происходит миграция (есть прошивка под 640-ю атмегу), какие могут быть подводные камни? Нужен совет спеца.

ATmega640 и ATmega1280 с точки зрения программы, зашитой в них, имеют единственное различие - размер Flash, а, следовательно и расположение во Flash загрузчика. Отсюда и "следует плясать" при переходе с одного МК на другой. Иных отличий - нет. Т.е. если Ваша прошивка не содержит загрузчик (или некие части программы, которые обязательно должны быть расположены в области загрузчика), то - прошивку модернизировать(переделывать) не надо.