Достались по случаю Stratix II EP2S60F672C5 на платах неизвестного устройства. При попытке прошить свою конфигурацию оказалось, что JTAG не работает.
Скорее всего производителем был прошит ключ безопасности. По докам он блокирует программирование по JTAG.
Неужели в мусорник?

Да, только туда. По крайней мере, пока у авторов прошитый ключ не выясните
А ключ там однократно-программируемый.

А в этой фразе из доки нет никакой надежды?
Note to Table 5:
(1) Enabling the tamper protection bit disables the test mode in Stratix II and Stratix II GX devices. This process is
irreversible and prevents Altera from conducting carry-out failure analysis if the test mode is disabled. Contact
Altera Technical Support to enable the tamper protection bit.

Ну там же английским по белому написано - irreversible, т.е. необратимый.
И обращаться приглашают, чтобы этот бит взвести, а не сбросить.
Так что увы...