Интересна ситуация - пусть 4 вывода порта А объявлены как входы, другие 4-е - как выходы. Что будет при выполнении команды PORTA = 0xFF - что будет на тех выводах, которые объявлены как входы? и наоборот - при команде r = PINA; - какие данные будут на выводах, объявленных как выходы...

Ничего полезного. При вводе как правило состояние считанного порта выделяют маской, если хотят знать состояние интересующих бит (настроенных на ввод). А при выводе, биты настроенные на ввод игнорируют данную процедуру. Смотрите схемы портов в фирменном описании.

Если вывод настроен на вход, то запись 1 в соответствующий PORT бит включит внутренний подтягивающий резистор 50-100кОм.

Чтение PINA в любом случае отражает состояние на выводах МК.