Я развел несколько плат, но все интуитивно, на ощупь. Хотелось узнать у специалистов:
1. Какая должна быть толщина сигнальных дорожек от микроконтроллера.
2. Какое минимальное растояние между ними.
3. Как выбирать переходное отверстие в зависимости от толщины дорожки.
Заранее спасибо.

1. Минимальная толщина определятся классом печатной платы и максимальным током через дорожку. Для "микроконтроллера" как правило это первое (кроме выводов питания).
2. Минимальный зазор определяется напряжением межу дорожками, классом печатной платы, иногда специальными требованиями, которые запрещают параллельные линии. Для Вас скорее всего только класс печатной платы
3. Переходное зависит не от толщины дорожки, а от тока, который может протекать в нем и класса печатной платы (гарантийный поясок)
Про все это есть в ГОСТ на печатные платы, или в IPC

А класс печатной платы это FR4? И где можно почитать стандарты?

и еще вопрос - почитав вижу рекомендации такие по 4-х слойке:
сигнал1-земля-сила-сигнал2
а я развел:
земля-сигнал1-сигнал2-сила
что делать? разводить заново?

С такими познаниями может вам не стоило за четырехслойку браться?

Класс ПП - минимальная ширина проводника и минимальный зазор между ними (также здесь нормируются диаметр переходного и гарантийный поясок). Очевидно, что для 1мм/1мм и 0,15/0,15 требования к оборудованию сильно различаются.
Земля и питание во внутренних слоях (часто и в основном) чтобы служили экраном для сигнальных проводников и т.к. они идут сплошным полигоном, сдувать в них тепло.

Я Вам дам ответы на типовые размеры для микроконтроллеров. По стандартам Вы будете долго лазить.
Питание ширина дорожек/зазоры 0.4/0.25, дорожка 0.4mm протащит 1А тока. Если нужно больше, увеличивайте пропорционально.
Сигнальные линии ширина трассы/зазор 0.2/0.2.
Толщина меди на всех четырех слоях по 35мкм для начала.
Структура платы 4 слоя, верхний слой/толщина диэлектрика/ второй слой/ диэлектрик/третий слой/диэлектрик/4слой
Толщины в мкм 35/250/35/900/35/250/35
Слой 2 план земли, слой 3 план питания, слои 1 и 4 это сигнальные слои с дорожками.

Переходное отверстие, диаметр отверстие/площадка 0.4/0.8 и для сигналов и для питания(широких дорожек).
В цепях питания применять по нескольку отверстий одновременно, расположенных на расстоянии 1мм друг от друга по сетке. 1 отверстие примерно на 0.25А тока. Параметры по токам даны с запасом, так что Вы точно не испортите дизайн, если будете применять вышеуказанные правила. Если хотите применять грамотно, скачайте тулз Saturn, и считайте в нем.
В цепях сигналов использовать по одному отверстию для перехода на другой слой.

Ну и все, этих параметров на первое время Вам хватит практически на любой микроконтроллер.

Спасибо большое. Исчерпывающий ответ.
Да вот еще что, я работаю в милс при переводе получается скажем 0.4мм = 15.748 милс. Перейти в метрик систему или так и вставлять "не круглые значения" в империал системе?

Это по барабану, если удобно округляйте, все равно производитель переводит Ваши размеры в свою систему, в которой производит платы.
Размеры ровные берутся так 0.1mm это 4 mils. Все остальные производные от этой формулы. 0.4mm сответственно 16 mils.

Большое спасибо.