Если у Вас 16.6 с HotFix 21 то можно этим компонентам добавить в свойство BOM_IGNORE значение TRUE (Cadence Allegro filter). Ну и в любых версиях в Part Manager можно определить новую группу, загнать туда эти компоненты, определить их как Not Present и определить BOM Variant с этой группой. Потом можно делать BOM для этого варианта.
Посмотрите здесь. Без звука.
http://www.youtube.com/watch?v=NTYF9ik5TUc