После компиляции проекта, возле позиционных обозначений элементов, в скобках появляются позиционные обозначения этих элементов присвоенные в каналах проекта. Которые остаются при печати. Изменения настроек Schematic Print Properties ничего не дало.
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Как напечатать лист одного канала без приписки (VD1_#1, ...)?

Печатайте общий, а не конкретный лист. Схемы то одинаковы

Не понял какой лист считать общим. Вот структура:
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
На листе Sheet1.SchDoc схема одного канала. На Sheet2.SchDoc используется соответствующий Sheet Symbol. При печати Sheet1.SchDoc из редактора (Ctrl+P)
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
получается описанное явление.

Тот, что на картинке Editor

За показ позиционных обозначений после компиляции при печати (и не только) отвечают настройки Compiled Names Expansion на вкладке DXP » Preferences » Schematic » Compiler
Нажмите для просмотра прикрепленного файла
Снимаем галку с Designators или выбираем Display superscript if necessary
из файла справки TR0111 Schematic Editor and Object Reference.PDF стр. 5