Имеется 4-слойная плата - наружные слои сигнальные, внуренние (plane) - слой земли и слой питания. Одна из сигнальных цепей NET1 в слое TOP должна иметь импеданс 50 Ом. Нарисовал в PCB нужную цепь NET1 между двумя компонентами, цепи замли и питания. Запустил Signal Integrity, задал параметры цепей, в Layer Stack задал толщны изолятора между слоями, выбрал нужную цепь и нажал Take Over Selected Mets. Если слой земли сплошной и находится непосрестенно под слоем TOP, то утилита показывает импеданс цепи NET1, близкий к тому что показывает AppCAD (от Agilent Tachnologies). Но если в слое земли под цепью NET1 сделать окно (пробовал полигон, Cutout, Keepout), то результат не меняется. Что я сделал не так?

Ну зачем же там делать окно? Там должен быть сплошной полигон.
:-)
Видимо, ваш Signal Integrity не анализирует содержание "опорного" слоя, по умолчанию считая, что там сплошная земля,
хотя это далеко не всегда так.
Кстати, так же поступает и HyperLynx - не учитывает топологию опорного слоя.
А чтобы посмотреть ЭМ-характеристики реальной 3D-топологии, да еще с учетом неидеальных питаний, надо применять продукты посерьезнее,
типа Sigrity PowerSI, Ansys или Agilent EMPro.
http://www.youtube.com/watch?v=wxaDCYPdo-w

Не вводите людей в заблуждение - начиная с версии HyperLynx 9.0 разрывы и заливки учитываются.

Fill, Вы имеете в виду, что в форме сигнала или глазковой диаграмме, полученной в Hyperlynx, будут отражены неидеальности опорных слоев?

Да.

Ок, тогда сорри, не знал.