Имеется несколько вариантов разводки дифференциальных пар на плате.
Рабочая частота 2.5 ГГц.
Нужно сравнить качество разводки расчетным путем по уровню переотражений,
потерям, паразитным резонансам и , возможно , другим важным параметрам.
Пожалуйста, порекомендуйте методику и софт.

Я бы тоже посмотрел в каких именно лучше делать...

Если мы говорим о SERDES на печатной плате в цифровом дизайне.
Посмотреть EYE diagram и оценить работу по IBIS или Spice модели драйвера на конкретной диффпаре для конкретного чипа это
Самый простой и не самый точный Mentor Hyperlynx. В 99% случаев его хватит чтобы развести PCIE 2 и получить работоспособную плату.

Хотите по взрослому оценить параметры диффпары на все что только можно CST Microwave Studio, ANSYS HFSS, Agilent ADS EM, AWR MWO.
Но потребуется точное значение стека и материалов платы. Китайцы неохотно дают тангенс угла потерь на свои материалы

Если хотите точно оценить работу диффпары с драйвером.
Сами производители чипов предлагают целые simulation kits на свои микросхемы.
Киты эти состоят из топологии диффпары в виде Touchstone файла и модели драйверов для HSPICE.
Вам надо выгрузить топологию в Touchstone файл в одном из "тяжеловесов" и затем промоделировать
ее в HSpice используя модели драйверов производителей чипа в Hspice, а лучше заготовку из готового кита.

Спасибо большое!

Мы можем предложить вам услугу по моделированию топологии, чтобы решить Вашу задачу.
Возможно, Вам это будет интереснее и выгоднее, чем самому подбирать софт, разбираться с методикой и т.д.
Если это актуально - пишите.