Делал на STM32 бутлоалер по USB. Девайс видится как COM-порт (со своими дескрипторами), программа обновления прошивки подключается к этому порту и отправляет пакетами зашифрованную прошивку, проц внутри проверяет CRC, расшифровывает и пишет во флэш по указанным адресам. Прошивка перед упаковкой в обновляльщик шифруется другой программой.
Предварительно программа опрашивает девайс на предмет текущей версии ПО, ревизии железа и т.п для исключения накладок

Думаю, что и в LPC можно заставить работать точно так же.