Существует ли какая либо переменная, атрибут, переменная в GCC которая инкрементируется при каждой очередной компиляции проекта и которую возможно, например, залить в еепром? Смысл в том что бы проект ( программа ) содержала версию ПО...

__DATE__ , __TIME__

Нет. Компилятор не может знать ревизию исходников, которые он компилирует. И не должен. Для отслеживания версии ПО пользуйтесь системами контроля версий (subversion/git/...), это их работа. Полученную от них версию ПО передавайте компилятору через -DREVISION=xxxxx.