Доброго времени суток.
На отладочной плате Altera DE0 имеется FPGA Cyclone III EP3C16F484C6 и конфигурационное ПЗУ EPCS4 объемом 512 кБ.
Разработка ведется в среде Quartus 13.1 64-bit Web Edition. В проекте имеется немного логики и софт-процессор Nios II. Код процессора выполняется в подключенной к нему SDRAM.
После компиляции проекта .sof файл с прошивкой FPGA весит 569 кБ, но его размер, насколько я понял, фиксирован и зависит только от модели FPGA. После конвертирования в pof размер полученного файла составил 513 кБ, что не помешало ему залиться в ПЗУ. Для загрузки в ПЗУ еще и исполняемого кода я нашел 2 способа.

Первый способ описан в http://www.naliwator.narod.ru/les/les_nios_epcs_03.html. Формат команд для Nios II 13.1 Command Shell немного отличается от описанного в статье, я писал так:
sof2flash --epcs --compress --input=test_Nios_II.sof --output=hw.flash --verbose
elf2flash --epcs --input=test_PRO.elf --output=sw.flash --after=hw.flash --verbose
nios2-elf-objcopy --input-target srec --output-target ihex sw.flash sw.hex
При нажатии Generate в утилите Convert Programming File вылезает сообщение о нехватке памяти EPCS4. Вопрос: Если я заменю на отладочной плате ПЗУ на например EPCS16, то добьюсь ли я правильной работы логики FPGA и кода процессора после включения питания? Возможно я забыл что-то?

На эту тему в Q13.1 есть проблема: http://www.altera.com/support/kdb/solution...112013_614.html

Сначала пропробуйте применить компрессию прошивки FPGA. Возможно, этого будет достаточно, чтобы все влезло в Ваш нынешний конфигуратор.
До кучи - обратите также внимание на специальные меры по сокращению объема исполняемого ниосовского кода (в ниосовской документации все подробно расписано).