Сделал устройство USB-HID, решил оставить возможность обновления ПО для полльзователей, но отдавать саму прошивку не хочется. Существует ли такой бутлоадер, на подобии "AVR230: DES Bootloader", только работающий через USB (неохота лишних шнурков-переходников делать)?

Отвечу сам себе - сделал на примере LUFA HID bootloader. Исходный .hex шифрую с помощью алгоритма XTEA в такой же hex, далее отправляю в контроллер, там его дешифрую и записываю в блок. Микроконтроллер защищен от чтения. Все работает