Необходимо настроить таймер так, что бы он аппаратно включал на ножке высокий уровень на заданное время.
Т.е. изначально на ножке низкий уровень, запустили таймер - на определенное время на ножке установился высокий уровень, при срабатывании таймера сново низкий уровень. Дали команду - все повторилось. Желательно все сделать без прерываний.

Какой для этого необходимо выбрать режим работы таймера?

TIM_OCMODE_PWM2

это режим One-Pulse на сколько я понял.
но в этом режиме счет можно запустить при подаче сигнала на другой пин таймера. а как то по-другому можно?
может есть у кого пример реализации..

У всех есть. В руководстве пользователя (User manual) режим One pulse mode расписан аж на двух страницах со всеми подробностями. Пример чего вы хотите? Как биты в регистры прописывать?

как я понял из референс мауанала в режиме OPM таймер генерирует импульс на ножке контроллера после поступления сигнала на один из каналов этого таймера (другую ножку). Можно ли генерировать импульс с помощью таймера в этом режиме без подачи сигнала на другую ножку?

Можно. Из описания бита OPM вытекает, что этот режим лишь останавливает счет по событию Update Event путем аппаратного сброса бита CEN. А запускать счет можно программной установкой этого бита.

ну вроде устанавливать высокий уровень таймером получилось.
а что если требуется сделать наоборот:
- изначально высокий уровень
- запустили таймер - установился низкий уровень
- таймер дотикал - вернулся низкий уровень

почему то при изменении OCPolarity ничего не меняется..

Я бы баловался битами OCxM между режимами PWM mode 1 и PWM mode 2.