Программы пишу в IAR. Вместо отладчиков использую две платы stm32l-discovery(интерфейс SWD). Можно ли настроить IAR, чтобы каждый проект подключался к своему отладчику?

IAR: Options\Debugger\J-Link/J-Trace\Connection

Проблема в том, что я использую st-link

Можно сделать CMSIS-DAP https://github.com/x893/CMSIS-DAP и указывать Serial Number или совместно с ST-Link.

как я понял cmsis-dap для F серии. У меня платки L, но всё равно спасибо, посмотрю.

На L не портировал и не проверял. Но даже если плата L то ST-Link то на F серии. да и обратно можно вернуть - думаю что не проблема - вектор есть - дальше разберетесь - сложностей нет