Научите, как сделать, чтобы компилятор сам расчитывал контрольную сумму программы. Мне не понятно, в каких границах он её считает, по каким адресам кладёт и как исключить из расчёта используемый для других целей сегмент памяти программы?

Во-первых, следует уточнить, о каком компиляторе идет речь? Еслт речь про IAR, то просто читайте документацию. Генерация контрольной суммы в IAR это функция линкера xlink. Так что вам следует открыть документ xlink.ENU.pdf и найти там раздел с описанием ключа -j который служит для включения опции generates a checksum при линковке.