Собственно как выполнить совместное моеделирование схемы в MicroCap и модели, сделанной в Matlab/Simulink?

Специальных интерфейсов ввода-вывода у MicroCap нет. Но он умеет использовать в качестве источника сигнала пользовательские файлы .usr (используется компонент User source) + с 10 версии .wav файлы (Wav file source).
Для экспорта данных можно сохранять графики в форматах .usr, .csv, с 10 версии .wav (меню Propperties->Save curves).
Как правильно формировать эти файлы, можно почитать в "Программа схемотехнического моделирования Micro-Сap. Версии 9, 10" М.А. Амелина, С.А. Амелин, 2012г стр. 89, 211, 422.
Ну а в Matlab/Simulink можно с этими файлами работать с помощью wavread и wavwrite, или читая и разбирая файлы. Подробнее читайте в А.С. Сергиенко "Цифровая обработка сигналов", 2003 стр. 178.