На трех различных платах с установленным данным контроллером была проверена
точность хода часов. Отставание за сутки составляет от 5 до 7 секунд. Кто то сталкивался с подобным?
На фирменной STM32FDiscoveryVL с установленными "родными конденсаторами и кварцем от ST наблюдается та же картина.
Конденсаторы на других платах стоят как и рекомендует ST в appnote 6,8 пФ.

Часы ходят не точно.
Попробуйте вместо делителя 0x7FFFF использовать 0x7FFF - 2.
Для точного хода нужно использовать калибровку и коррекцию хода.
Как это делается аппаратно можно посмотреть в старших семействах (там несколько уровней, на каждом все точнее).
Я сделал программную коррекцию: добавляю определенное число секунд на каждые миллион секунд (конечно же равномерно размазано по интервалу).
Если есть способ выбрать кварц, конденсаторы и зашить определенные настройки в модуль RTC так, чтобы все часы ходили точно (на разных экземплярах),
то было бы интересно услышать такое решение. Хотя можно поставить высокоточный генератор, но по цене не сравнится с кварцем.

Скорее всего данная проблема связана с допустимым отклонением частоты кварца. Почитайте аппноут, описано, как калибровать:

http://www.st.com/st-web-ui/static/active/.../DM00025071.pdf

Это нормально. Измеренный уход в Вашем случае еще и мал. Любой кварц не точен. На частоту влияют и нагрузочные емкости. А в случае STM32F, когда RTC питается от батареи, - еще и от напряжения питания батареи. Проверено.

Если ошибка стабильно велика, можно попробовать изменить емкости. Например, при Вашем отставании вместо 6.8pF можно установить 6.2..5.6pF и посмотреть, что получится. Калибровать придется. Вроде есть AppNote по теме. Самое главное - по какой частоте калибровать. Затактируйте процессор от TCXO, - они на полтора-два порядка точнее и стабильнее кварцев (+/- 2.5ppm дают самые дешевые, а можно приобрести и +/-0.5ppm), - и откалибруйте RTC автоматически по этой частоте.

Сталкивался с отставанием на 15 секунд в сутки, когда впаяли по ошибке не те кварцы. У впаянных была нагрузочная емкость 12.5pF вместо нужных 6pF. Когда впаяли правильный кварц - стало сильно лучше (порядка 3-4 секунд в сутки, если правильно помню).
Вроде бы не ваш случай, поскольку STM32VLDISCOVERY так же себя ведет, но все же проверьте.

Можно же и подстроечный конденсатор запаять вместо постоянного, и по частотомеру выставить частоту генерации.

Ваши 5 - 7 секунд - это 58-81ppm. Однозначно, проблемы в комплектации, в часовых кварцах.
С другой стороны, не так всё плохо. Как уже было сказано выше, в любом случае Вам придётся делать калибровку для получения более точного хода часов.