Написал под Eclipse простенькую мигалку диодами (их там 4 штуки хоть замигайся Ж) ), прошиваю используя STM32 ST-Link Utility, программа не запускается хоть перезагружай кнопкой на плате, хоть дёргая кабель из USB. Запускаю дебаг в Eclipse и на тебе работает, закрываю дебаг, работает, перезагружаю мк (так же кнопкой или по питалову) работает. Что за дела такие?)

Возможно прошиваете не тот файл - elf как bin или hex как bin, например.
А Eclipse при запуске отладки прошивает нужный файл и загружает его как файл соответствующего формата.

Спасибо за ответ!) Я отключал прошивку в eclipse вроде как)... Причина оказалось до банальности простой, когда в STM32 ST-Link Utility выбираем команду target->program and verify появляется окошечко, где есть текстовое поле и кнопка рядом (для выбора прошивки), а так же кнопка начать программирование мк, почему то в этот момент мне показалось логичным что при использование данной команды эта утилита загружает файл по новой и прошивает новой прошивкой по указанному адресу в текстовом поле, но это не так, он прошивал старой прошивкой которая действительно не работала... Вот как то так)