Использую ATXmega128. Нужно получить меандр произвольно частоты на одной из ног, с минимальным джиттером. Хочу использовать клок SPI. Не знаю как запустить клок в непрерывном режиме. Предача данных не нужна.

Вряд ли. Разве что с DMA, если там есть. И то непрерывным не будет.
Таймеры OC (output compare) должны делатъ это

выходы таймеров заняты, а дёргать произвольную ногу в прерывании таймера - накладно

Ве заняты???
Но ведь выходов так много!
Порт C - 6 выходов таймера
Порт D - 6 выходов таймера
Порт E - 6 выходов таймера
Порт F - 6 выходов таймера
Используйте AWEX на портах C и Е, тогда получите еще 4 выхода: PС6,PС7,PE6,PE7

Чисто средствами SPI в идеальном случае - никак. Это из-за того, что ядру нужно 2 такта на то, чтобы положить данные в выходной/входной регистр SPI. Но, с погрешностью (и не плохой), такой меандр получить, разумеется можно. Озвучте требования.

USART ,с 0xAA или 0x55 - прикалывался когда-то.

По первому взгляду - USART умеет и SPI master (как и в некоторых современных ATmega). Т.о., если не допускать опустошения буфера, то clk будет непрерывным и без джиттера. Я бы все равно по возможности возложил бы это на OC таймера, но если очень хочется...