Есть большой проект Microblaze + большой модуль работы с CMOS видео матрицей.
Сейчас надо реализовать режим многооконого чтения.
Сама матрица с построчным считыванием, так что легче всего решить с помощью второго Microblaze.
Содавать с нуля новий проект и присоединять модули не очень хочется.
Можно ли создать отдельный проект и слить затем оба процессора вместе?

Вообще никаких проблем. Дважды щелкаете по блейзу, и вся соответствующая инфраструктура добавляется автоматически.
Можно их даже посадить на общую шину акси. И можно даже выводить в общий ком-порт. Правда необходимо следить за тем, чтобы не было одновременного использования периферии. Для этого там есть mutex and mailbox. Но мне было жалко на них памяти, поэтому для межпроцессорного взаимодействия я просто использовал axi-bram.

Не понятно где щелкать?
Когда я в ISE дважды щелкаю Microblaze то вызывается Xilinx Platform Studio где я могу переконфигурировать как сам процессор так и его периферию.

он просто не понял о чем речь...

я так понимаю что самая малая кровь, это в платформ студии сделать 2 ядерный проц, и потом в основном проекте ручками добавить проц и необходимые связи поправить по образцу этого 2 ядерного проекта.

Либо сделать как бы компонент (IP Core) в котором будет внутри изолированный проц, и добавить уже этот компонент в систему. Но тут будет куча проблем с загрузкой и созданием, как мне видится...

Щелкнуть нужно по microBlaze из IP Catalog.
Прикладываю картинку.

В принципе таким образом можно организовать и три процессора, и еще больше. Правда, я не пробовал...