При тестировании прибора, перед сертификацией, случайно, обнаружилась следующая фича камня stm32f407:
Если вы выводите выходную частоту часов для тестирования и калибровки, то приготовьтесь к тому, что камень продолжает её выдавать даже после выключения питания.
При этом у меня это альтернативная функция порта. После выключения питания замечательно идёт сигнал от батарейки размахом 3V.
У меня по свалу питания, прибор осуществляет сохранение текущего состояния, накоплений, указателей архивов и прочее. Пришлось туда воткнуть ещё и выключение выхода частоты.
Думаю, что батарейка здорово при этом здоровье теряет, особенно если дальше схема какая-то.

В DS1339 это нормально, выдавать клок при питании от батарейки.
Правда это регулируется конфигурационным битиком BBSQI

Bit 5: Battery-Backed Square-Wave and Interrupt Enable (BBSQI). This bit when set to a logic 1 enables the square wave or interrupt output when VCC is absent and the DS1339 is being powered by the VBACKUP pin. When BBSQI is a logic 0, the SQW/INT pin goes high impedance when VCC falls below the power-fail trip point. This bit is disabled (logic 0) when power is first applied.